Món tom yum gắn liền với sự giản dị truyền thống của lối sống nông nghiệp dọc theo hệ thống sông ngòi và kênh rạch trên đồng bằng miền trung Thái Lan, nơi các truyền thống ẩm thực gắn bó mật thiết với thiên nhiên.[5]

Mặc dù xuất hiện từ lâu và trở nên rất phổ biến trong đời sống, nhưng hiện các học giả Thái Lan cũng chưa xác định chính xác nguồn gốc của món này, cũng như làm thế nào món trở thành biểu tượng dân tộc như ngày nay. Có rất ít thông tin về tom yum được ghi chép lại trong các tài liệu cổ. Cho đến nay, bản ghi chép sớm nhất về món tom yum dưới dạng công thức được lưu lại từ thập niên 1890 dưới cái tên "tom yum pla chon". Món này sử dụng cá quả làm nguyên liệu chính thay vì tôm như cách nấu hiện đại. Còn cuốn sách đầu tiên đề cập đến tom yum sử dụng tôm làm nguyên liệu là cuốn “Từ điển đồ ăn” do một nhà truyền giáo Mỹ viết năm 1897, trong một công thức có tên là “tom yum kung với gia vị bổ sung”.[6]

Tom yum bổ sung thêm vị cay của ớt từ thế kỷ 17, khi những nhà truyền giáo Bồ Đào Nha mang đến châu Á.[7] Món nấu đúng vị bắt buộc phải có lá chanh, gừng hoặc riềng, sả. Những gia vị như cà ri, ớt cay, hẹ tây, cà chua, nấm được xem là phụ gia, tuỳ phong cách người nấu. Trong đó, cà chua được xem là nguyên liệu ảnh hưởng từ Mỹ, còn nấm xuất hiện trong cách nấu tom yum vào thế kỷ 20. Nước cốt dừa được thêm vào món từ thập niên 1980.[7]

Ngày 23 tháng 3 năm 2021, chính phủ Thái Lan đã phê chuẩn kế hoạch của Bộ Văn hóa Thái Lan về việc đệ trình lên UNESCO đề xuất đưa món "tom yum" vào danh sách di sản văn hóa phi vật thể thế giới.[5]